Die Ufer der Kirchsee sind durch Kliffs, flache Sandufer und Schwemmbereiche gekennzeichnet. Bemerkenswert sind die Sandhaken, die sich wind- und strömungsbedingt bei Fährort (Fährdorfer Haken) und Brandenhusen (Brandenhusener Haken) gebildet haben. Durch die Kirchsee verläuft die gekennzeichnete Fahrrinne zum Hafen von Kirchdorf. Im übrigen ist die Kirchsee ein flaches, unter 2 m tiefes Gewässer mit schlickreichem Grund.
Die Ufer der Kirchsee weisen im Ostteil vor den niedrigen Kliffabschnitten schmale Röhrichtzonen auf, im Westteil überwiegend Schwemmland mit Salzgrünlandkomplexen.
Das Kliff vor Brandenhusen ist fast durchweg ein aktives Kliff, das mit seiner Südwestexposition einer extremen Sonneneinstrahlung ausgesetzt ist und entsprechend warme Uferpartien (steinig!) aufweist.
Vogelbestand im Sommerhalbjahr:
Auf der Kirchsee lassen sich ganzjährig nahrungsuchende Wasservögel Möwen beobachten. Im Frühjahr sind es Einzeltiere oder kleine Trupps von nichtbrütenden Schwänen und Enten, einzelne Taucher, Bläßrallen, Mittelsäger und fischende Kormorane. Das Schwemmland am Westufer der Kirchsee dient Graugänsen und Entenarten ab Juli als Sommerrastplatz. Auch ziehende Watvögel treffen im Sommer ein.
Vogelbestand im Winterhalbjahr:
Im Herbst stellen sich zunehmend größere Trupps von Zugvögeln auf der Kirchsee ein. Auffällig sind die großen Trupps von Bläßrallen und Pfeifenten sowie Reiher- und Tafelenten, die sich vor allem in der Inneren Kirchsee aufhalten.
Der westliche Teil der Kirchsee ist möglichst zu meiden. Ankerplätze sind langsam, mit weniger 3 kn, aufzusuchen. Jollen sollten diesen Bereich nur geringfügig beim Kreuzen benutzen. Der Abstand zum Ufer darf 150 m nicht unterschreiten.
Die zulässige Höchstgeschwindigkeit im Fahrwasser beträgt 5 kn.
Das Bootsangeln ist im Flachwasserbereich der Kirchsee nur zu den festgelegten Zeiten erlaubt. In einigen Bereichen ist das Angeln auch von Land aus gestattet. (Siehe auch Karte Angelregelung)
